As flautas doces tem uma tessitura de duas oitavas e uma terça menor. Elas são afinadas em intervalos de quarta e quinta justas, em relação umas às outras. Logo, haverá flautas doces com afinações iguais, mas com uma oitava de diferença entre si.
As flautas doces modernas não são instrumentos transpositores, ou seja, suas notas soam como lidas na partitura. Ainda assim, é comum dizer-se que as elas são afinadas em "dó" e em "fá". Isso porque a nota mais grave de uma flauta doce moderna ou é fá, ou é dó.
As flautas doces garklein, soprano, tenor e contrabaixo tem por nota mais grave o dó, com uma oitava de diferença de altura entre uma e outra, respectivamente. De modo semelhante, as flautas doces sopranino, contralto, baixo e subcontrabaixo tem por nota mais grave o fá, sendo também de afinação igual, mas com diferença de oitava entre si.
Logo, as flautas doces sopranino e soprano, contralto e tenor, e baixo e contrabaixo tem a diferença de altura de uma quarta justa entre si. Já as flautas doces garklein e sopranino, soprano e contralto, tenor e baixo, e contrabaixo e subcontrabaixo (ufa...) tem a diferença de altura de uma quinta justa entre si.
Em partitura, as flautas doces sopranino e soprano vem sendo registradas em clave de sol oitava acima, para facilitar a leitura. Ou seja, com esta clave, as partituras são escritas uma oitava abaixo da altura real. Isso não chega a ser considerado transposição, pois as notas tocadas são as mesmas lidas.
A flauta doce garklein utiliza em suas partituras a clave de sol duas oitavas acima, um recurso tão incomum quanto ela própria.
As flautas doces tenor e contralto tem suas partituras escritas na altura real da clave de sol, como a flauta transversal e o oboé.
As flautas doces baixo e contrabaixo são escritas em clave de fá uma oitava acima, ou seja, com as notas na partitura uma oitava abaixo do que deveria. A flauta doce subcontrabaixo, por sua vez, se utiliza da clave de fá em altura real, como o violoncelo.
Mas por que não fazer as partituras das flautas doces nas oitavas reais dos instrumentos?
Porque isso deixaria a partitura visualmente poluída, com muitas notas fora do pentagrama, em linhas e espaços complementares. Por exemplo: em uma partitura de flauta doce sopranino escrita na altura real da clave de sol, somente a nota mais grave (fá) ficaria no pentagrama, e na última linha! Logo, seria uma partitura de difícil leitura.